Karen Pontoppidan ist ausgebildet als Formgeberin für Schmuck und Gerät (Schwäbisch Gmünd 1991) und hat 1998 das Studium in der Klasse von Prof. Otto Künzli an der Akademie der Bildenden Künste München mit Diplom abgeschlossen. In ihrer Tätigkeit als Lehrende war sie unter anderem von 2006 bis 2015 Professorin für Schmuck und Gerät am Ädellab, Konstfack University College of Arts, Crafts and Design in Stockholm. Im April 2015 wurde Karen Pontoppidan als Professorin für Goldschmiedekunst an die Akademie der Bildenden Künste München berufen und war von 2016 bis 2020 bereits als Vizepräsidentin in der Hochschulleitung tätig. Seit April 2022 ist sie Präsidentin der Akademie der Bildenden Künste München.