1852 Elisabeth Ney kann sich – als einzige Frau zwischen 1839 und 1920 – offiziell im Fach Bildhauerei einschreiben.

1854 Nach Studienaufenthalten in Düsseldorf und Antwerpen schreibt sich der 22 Jahre alte Wilhelm Busch in München ein.

1856 Mit der Berufung des erst 30jährigen Karl von Piloty und dem rapiden Bedeutungsverlust der Düsseldorfer Akademie nach dem Weggang Schadows beginnt Münchens Glanzzeit als europaweit attraktive Ausbildungsstätte für Historienmalerei.

1858 Im Glaspalast findet die viel beachtete und auch finanziell erfolgreiche »Deutsche allgemeine und historische Kunstausstellung«, statt, an der sich die Akademie aus Anlass ihres 50. Gründungsjahres beteiligt.

1862 Maximilian II. genehmigt die Aufhebung der Gründungsaufgabe, regelmäßig Ausstellungen zu veranstalten.

1866 Mit den Berufungen Arthur von Rambergs, später auch von Wilhelm von Diez (1872), Wilhelm von Lindenschmit d.J.(1875) und Franz von Defregger (1878) wird die Genremalerei an der Akademie gestärkt, ohne allerdings den Rang einer eigenen Klasse zu erhalten.

1868 Aus der Zeichnungsschule des »Vereins für die Ausbildung der Gewerke« (der sich nun »Bayerischer Kunstgewerbeverein« nennt) geht die »Königliche Kunstgewerbeschule München« hervor. Damit konnte die Akademie sich endgültig der 1848 von Maximilian II. zugeschriebenen Aufgabe einer kunstgewerblichen Ausbildung enthoben fühlen, mit ihren »freien Künsten« sich aber weiterhin im ersten Rang der ästhetischen Hierarchie sehen. Späterhin sollten immer wieder Pläne zur Zusammenlegung beider Hochschulen erörtert, von der Akademie jedoch durchweg abgelehnt werden, die allerdings immer wieder Lehrer und Professoren von der Kunstgewerbeschule abwirbt. Gleichzeitig erfolgt die Konstituierung der nunmehr »Königlichen Polytechnischen Schule« (der heutigen TU München), welche die Ausbildung der Zeichenlehrer sowie der Architekten übernimmt.

1869 Seit der Jahrhundertmitte zieht die Akademie vermehrt ausländische Studenten an und wird Vorbild für Akademiegründungen in einigen von deren Herkunftsländern, wie etwa in Sofia. Von Skandinavien und dem Baltikum über Russland und den Balkan bis zu Griechenland und Italien schlägt sich der mitteleuropäische Halbkreis, in dessen Zentrum die Münchner Akademie die unangefochtene künstlerische Metropole ist. Auch die nordamerikanischen Studenten, die lange Düsseldorf bevorzugt hatten, kommen nun hierher; zwischen 1809 und 1920 stellen sie mit rund 400 Immatrikulationen den – mit Polen und Ungarn – höchsten Anteil der Ausländer. Im »Amerikanerdorf« Polling entsteht eine kleine Kolonie amerikanischer Maler.

1872 Gründung einer »weiblichen Abteilung« der Kunstgewerbeschule, welche die Ausbildung von Zeichenlehrerinnen übernimmt.

1875 Ferdinand von Miller stellt im bayerischen Landtag den Antrag, 800 000 Gulden für einen Neubau vorzusehen. Die Reparationszahlungen, die Frankreich nach dem verlorenen Krieg von 1870/71 an das Deutsche Reich zu leisten hatte, ermöglichen es schließlich, eine Bausumme von zwei Millionen Gulden einzuplanen.
Eine Debatte um verschiedene Standorte beginnt, bis Gottfried von Neureuther mit der Durchführung seines Entwurfs in der Nähe des Siegestors beauftragt wird.

1877 Beginn des Neubaus.

1880 Die Baumaßnahmen werden aus Kostengründen eingestellt.

1881 Die Klassen Defregger, Lindenschmit, Wagner und Müller ziehen in einige bereits fertig gestellte Räume des Neubaus. Bei einem Brand auf dem spektakulären Künstlerfest »Reise um die Welt« kommen neun Studenten zu Tode, die sich aus ihren Eskimokostümen nicht mehr rechtzeitig befreien konnten.

1882 Gründung eines Künstlerinnenvereins, der ab 1884 eine »Damen-Akademie« betreibt, die keine Aufnahmeprüfung abhält, aber jährlich 400 Mark Studiengebühr erhebt (Akademie: sieben Mark). Sie bietet Frauen in Bayern die erste Möglichkeit eines systematischen Kunstunterrichts, der sich am Lehrplan der Akademie orientiert. Um die Jahrhundertwende unterhält sie in der Barer Straße Ateliers; darüber hinaus arbeitet im Sommer eine Landschaftsklasse in Seebruck am Chiemsee.

1884 Nachdem eine Resolution Münchner Bürger die Fertigstellung des Neubaus gefordert hat, wird das erforderliche Geld im April bewilligt. Das neue Akademiegebäude kann ab Oktober in allen Abteilungen genutzt werden.

1886 Anlässlich der Zentenarfeier für Ludwig I. wird der Neubau durch Prinzregent Luitpold offiziell übergeben. Der Fassadenschmuck zur Straßenfront bleibt unvollendet. Statt der vorgesehenen 400 Studenten sind 552 eingeschrieben. Mit dem Umzug ergibt sich ein Wechsel des Künstlerviertels; lag es bis dahin in der Gegend vor dem Karlstor, so prägt die Akademie nun in ihrer Grenzlage die nördliche Maxvorstadt sowie vor allem Schwabing. Der frühe Tod des 59jährigen Piloty leitet das Ende der Glanzzeit der Münchner Historienmalerei ein. Der ehemalige Akademiestudent Simon Hollósy gründet eine Privatschule, wie wenig später auch Heinrich Knirr 1888, Friedrich Fehr, Anton Ažbe 1891, Paul Schultze-Naumburg 1892, Kandinsky 1901, Hans Hofmann 1915 und viele andere.

1887 Nach dem Ausscheiden Moriz Carrières, seit 1854 Professor für Kunstgeschichte, wird das Fach bis 1963 nur noch nebenamtlich unterrichtet.

1892 Von der »Münchener Künstlergenossenschaft« spaltet sich die »Münchener Secession« ab. Mitbegründer ist der junge Professor Paul Höcker (Berufung 1891). Unter Direktor Ludwig von Löfftz werden in den folgenden Jahren gezielt Mitglieder der Secession berufen. Damit orientiert sich die Akademie bereits wenige Jahre nach dem Tod Pilotys neu und erlebt in der »Prinzregentenzeit« (1886-1912) eine zweite Glanzzeit. Mit Studenten wie Josef Albers, Giorgio de Chirico, Wassily Kandinsky, Paul Klee, Alfred Kubin, Franz Marc, Otto Mueller, Bruno Paul, Hans Purrmann, Christian Schad, Edwin Scharff, Max Slevogt, Lesser Ury oder Albert Weisgerber – die Bewerbung Emil Noldes wird 1898 abgelehnt – ist sie nun ein Magnet für die Generation, die der Moderne entscheidende Anregungen liefern sollte.

1895 Anlässlich der Berufung Heinrich von Zügels wird für die neu eingerichtete Tiermalklasse im Akademiegarten ein eigenes Atelierhaus errichtet, dem eine Glas-Eisen-Konstruktion vorgebaut ist, in der die Tiere unter natürlichen Lichtverhältnissen gemalt werden können.

1898 Höcker muss die Akademie verlassen, nachdem seine Homosexualität skandalisiert worden ist.